Siempre tengo las mismas dudas a la hora de querer cambiar los permisos de carpetas y/o ficheros con la cosola de Linux.
La solución pasa por utilizar una combinación de los comandos find y chmod.
Aquí dejo dos ejemplos de cómo se hace:
Cambiar permisos de un directorio y todos sus directorios (sólo directorios):
find /home/pruebas -type d -exec chmod -R 775 {} \;
Cambiar permisos de todos los ficheros en un directorio (sólo ficheros):
find . -type f -exec chmod -R 664 {} \;
Los dos ejemplos anteriores se ejecutan de un forma recursiva, es decir cambiarán los permisos dentro del directorio y todos los subdirectorios